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上海信帆生物:蛋白序列分析軟件包

更新時間:2016-04-13   點擊次數:1014次

蛋白序列分析軟件包ANTHEPROT 4.3是位于法國的蛋白質生物與化學研究院(Institute of Biology and Chemistry of Proteins)用十多年時間開發(fā)出的蛋白質研究軟件包。軟件包包括了蛋白質研究領域所包括的大多數內容,功能非常強大。應用此軟件包,使用個人電腦, 便能進行各種蛋白序列分析與特性預測。感謝軟件的編寫者,他們將此軟件包免費提供給此領域的同行使用,這對于我國的科學技術人員來說,實在是一件好事。因 為一個功能再多再好的專業(yè)應用軟件,如果作為商業(yè)軟件進行銷售的話,往往使大多數需要使用此軟件的科技人員因為科研經費的問題,無緣使用,這點在我國尤為 突出。
軟件分為三個版本,分別用于Unix系統(tǒng),DOS系統(tǒng)與WINDOWS95或98系統(tǒng),讓我以用于WINDOWS系統(tǒng)的版本為例,介紹一下這個軟件的基本用法。
軟件包為一個自解壓執(zhí)行文件,文件名Anthe4_3c.exe,大小為1.9兆。執(zhí)行此文件,輸入解壓后存放的目錄名,便可將所有文件解壓在此目錄下。主程序名為Anthewin,在桌面上建立它的快捷圖標,雙擊快捷圖標便打開了ANTHEPROT 4.3主窗口。
通過主程序,我們可以載入蛋白序列,對序列進行編輯、打印、拷貝、改變設定等操作,更重要的是,我們可以在此調用各種所需的分析工具,對蛋白序列進行分析。
一. 序列編輯功能
    ANTHEPROT 4.3的主窗口便是其序列編輯窗口:
    可以使用按鍵或菜單中的File/Open命令打開各種序列文件,程序識別的文件類型包括:
單序列文件格式:*.SEQ,(ANTHEPROT 3.3支持以下格式的單序列文件:DNA/Strider 格式、EMBL格式、NBRF格式、Pearson/Fasta格式、PIR 格式與IG/Stanford格式);
    含有多個蛋白序列的蛋白數據庫文件:*.BAS,(以Pearson/Fasta格式添加序列,上限為30條序列或32K文件大小);
    ClustalV 或ClustalW 文件:*.ALN 含有ClustalW格式的多隊列;
含有多隊列的Multalin 4.1格式文件:*.MUL;
在Prosite 蛋白數據庫中查尋出Site結果的文件:*.SIT,
蛋白質原子空間結構的PDB格式文件:*.PDB;
使用IBCP(服務器預測蛋白二級結構所獲得的結果文件格式:*.CNS;

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